Senpai Is an Otokonoko

男の子だけど、学校では女の子の姿で過ごしている高校2年生の花岡まこと。ある日、まことはラブレターを受け取る。放課後、まことの前に現れたのは...。

夏休みを迎え、しばらくまことに会えなくなる、と悲しむ咲に、竜二はまことから借りていたノートを渡す。ノートを口実に意気揚々と花岡家を訪れる咲だったが...。　

母のために、可愛いものを好きでいることはやめようと決心するまこと。学校も男の子の姿で過ごすようになる。さらには、咲に付き合ってくれないかと告白をして...。　

咲との距離が近付き、同級生とも打ち解け始めたまことに、竜二は心のざわつきを感じていた。ある日、3人で行った水族館の帰り道で竜二はある違和感を覚える。　

まことが参加するバスケ部の試合を見に来た咲と竜二。観戦中、竜二は咲に"本当にまことのことが好きなのか?"と問う。竜二はどうなのか? と聞く咲に、竜二は...。

お昼ごはんを一緒に食べなくなった3人。そんな中、まことたち2年生に配られた進路調査票。それぞれが選択に悩む中、学校は文化祭に向け盛り上がっていく。

まことへの気持ちを隠し幼なじみとして見守り続けてきた竜二。まことも生徒手帳を見てしまったことを隠し、竜二に接し続けるが、竜二はまことの異変に気がついて...。

祖母が倒れたと聞き、病院へ急ぐ咲。連絡を受け、緊急帰国した父と久々にクリスマスを一緒に過ごせることに。一方竜二も、まことにクリスマスの約束を提案する。　

迎えたクリスマス当日。帰り道に、ある人が乗るタクシーを必死に追いかける咲と、竜二のもとへと向かうまこと。出会うはずのなかった二人が、思いがけず出会って...。

まことと竜二の仲直りをアシストしようと、咲はある作戦を企てる。まことと竜二が向き合おうとする一方で、咲もまた、思わぬ場所で意外な人物と出会う。